Seperti yang tercatat di dalam Perlembagaan PSLEM, persatuan ini diuruskan oleh Jawatankuasa Eksekutif yang terdiri daripada Presiden, Naib Presiden, Setiausaha Kehormat, Bendahari Kehormat dan enam lagi ahli jawatankuasa. Mereka dipilih setiap dua tahun sekali di kalangan pesakit SLE, ahli keluarga serta rakan-rakan mereka, dan juga ahli professional perubatan yang menawarkan masa dan kepakaran mereka secara sukarela. Ahli jawatankuasa merancang dan menjalankan kegiatan-kegiatan PSLEM seperti memberi kesedaran kepada orang ramai mengenai SLE, kebajikan pesakit, dan program-program bagi mengumpulkan dana.
Sebagai badan nasional, PSLEM juga mempunyai Wakil Negeri di Johor, Melaka, Perak, Pulau Pinang, Sabah, Sarawak, dan Terengganu. Lebih ramai wakil negeri akan dilantik apabila kumpulan-kumpulan sokongan baru ditubuhkan.