诚如大马系统性红斑狼疮协会章程所注明，本协会的会务乃由一个执行委员会来执行。执行委员会由一位主席、副主席、秘书、财政和六名委员组成，他们是从狼疮患者、患者家人及朋友，以及自愿将宝贵时间及医药专长贡献出来的医药专业人员中选举出来者。执委会选举每两年举行一次，选出 执行委员来策划并推行协会在提高大众醒觉、照顾患者福利以及募捐方面的计划。
作为一个全国性组织，本协会在多个州属都有代表，这些州属是柔佛、马六甲、霹雳、槟城、沙巴、沙捞越和登佳楼。日后若有更多狼疮互助小组成立，本协会即可以委任更多的州属代表。